重大动物疫病病原管理制度，根据《重大动物疫情应急条例》第二十一条：重大动物疫病应当由动物防疫监督机构采集病料，未经国务院兽医主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府兽医主管部门批准，其他单位和个人不得擅自采集病料。从事重大动物疫病病原分离的，应当遵守国家有关生物安全管理规定，防止病原扩散。故选答案A。