重大动物疫情的认定权限，根据《重大动物疫情应急条例》第十五条：动物防疫监督机构负责重大动物疫情的监测，饲养、经营动物和生产、经营动物产品的单位和个人应当配合，不得拒绝和阻碍。故第一选答案为A。根据《重大动物疫情应急条例》第十九条：重大动物疫情由省、自治区、直辖市人民政府兽医主管部门认定；必要时，由国务院兽医主管部门认定。故第二选答案E