隔离系统是以隔离器为主体及其附属装置组成的饲养系统。用作饲养无菌动物和已知菌动物。工作人员通过隔离器上组装的无菌手套进行操作，不直接接触动物。送入隔离器的空气需经超高效过滤，换气次数为20～50次，洁净度达到100级，饲料、饮水、垫料、笼具等都应高压高温灭菌。一切物品的移入均需通过灭菌渡舱，并事先包装消毒。