本病多由外受湿热、疫毒之气，内伤饮食生冷，损伤脾胃与肠腑而形成，其发病多与季节有关。
1.外感时邪：暑湿、疫毒之邪侵及肠胃，湿热郁蒸或疫毒弥漫，气血阻滞，与暑湿、疫毒相搏结，化为脓血而成为湿热痢或疫毒痢。一般认为湿热伤于气分，则为白痢；伤于血分，则为赤痢；气血俱伤，则为赤白痢。
2．内伤饮食：饮食不节或误食不洁之物，如其人平素嗜食肥甘厚味，酿生湿热，湿热内蕴，腹气壅阻，气血凝滞，化为脓血则成湿热痢。若湿热内郁，伤及阴血，而形成阴虚痢。若平素恣食生冷瓜果，伤及脾胃，脾虚不运，水湿内停，中阳受困，湿从寒化，寒湿内蕴，如再饮食不慎，寒湿食积壅塞肠中，肠中气机受阻，气滞血瘀，与肠中腐浊之气相搏结，化为脓血而成寒湿痢。并有脾胃素弱之人感受寒湿之气，或热痢过服寒凉药物，克伐中阳，每成虚寒痢。病位虽然在肠，但肠与胃密切相连，如湿热、疫毒之气上攻于胃，或久痢伤正，胃虚气逆，则胃不纳食，而成为噤口痢；如痢疾迁延，正虚邪恋，或治疗不当，收涩太早，关门留寇，则成久痢或时愈时发的休息痢；痢久不愈或反复发作，不但损伤脾胃而且影响及肾，导致脾肾亏虚，形成下痢不止。
总的病机是：邪壅肠中，与气血相搏，使肠道传导失司，脂膜血络受伤，气血凝滞，腐败化为脓血而痢下赤白。气机阻滞，腑气不通，所以腹痛，里急后重。