Crohn病的病变主要累及回肠末端，其次为结肠和直肠等处。因病变呈节段性，故又称节段性或局限性肠炎。肉眼可见病变呈节段性，病变之间的黏膜正常。肠管变硬、增粗；肠黏膜高度水肿，皱襞成块状增厚如鹅卵石样外观；水肿黏膜之间可见裂隙状溃疡；所形成的肠穿孔和内瘘可引起肠粘连；肠系膜水肿、变硬，肠系膜淋巴结肿大。镜下可见淋巴细胞浸润及淋巴滤泡形成，淋巴管高度扩张；溃疡狭长，可深达肌层。可见非干酪样坏死性肉芽肿，具有诊断意义。