嗜酸性胃肠炎病变位于胃和小肠，常伴有明显的外周血嗜酸性粒细胞增多和过敏症状。肉眼可见黏膜表面不规则斑块隆起。镜下主要表现为肠壁内嗜酸性粒细胞弥漫浸润，伴有其他的炎细胞和小血管增生、内皮肿胀。有些病例还有坏死性肉芽肿和血管炎。当炎症累及浆膜时，可引起嗜酸性腹膜炎和腹水。